柔佛新山善南寺成立於1975年農曆4月26日，從當初一間不起眼的小屋到香火鼎盛的廟宇，被神明託付救世的創辦人兼廟主持白鴻春師父，一路來為善南寺鞠躬盡瘁，才有今天的善南寺。

要講善南寺的緣起，就得從當時只有十多歲的白鴻春說起，那時他就已經開始替神明服務當起乩童來。那時並不是全職的乩童，所以平時遣有做工。後來因為工作不順利，就不再當乩童，自身到新加坡工作長達9年。

在這九年期間，他曾到新加坡的法主公廟拜神，後來該廟的老廟祝就告訴他，神要找他辦事怎麼跑也跑不掉的，今天不做，將來也要做。

新山善南寺雖然創廟於1975年，但當年並非取名為現今天的《善南寺》，而是叫着《善法堂》，是新加坡的一位師父取這個名字的。不久後就有人因為爭議這個壇名，說這是他們的壇名，為了不要用別人的壇名，就開壇一年後， 經由安溪八九爺伯改名為《善南寺》才用以至今。

隨着新山市的發展，《善南寺》也難逃土地被徵用的命運，當初位於新山 Jalan Abdullah Tahir的舊廟，在1993年收到地方政府的通知書，欲收購回當地的地方為發展物業，而經過一班理事盡力申請，才在2004年得到當局免費撥出一塊空地位於新山百合花園，為現今《善南寺》現廟。

2006年6月6日，由陳國煌議員代表蔡細歷議員為《善南寺》新址主持動土儀式，當晚也舉行千人宴。2008年年頭正式動工興建首輪工程，在同年農曆8月15日，進行上樑儀式。經過三年多的興建，再獲得許多善心人翁、善男信女及會員理事的熱心樂捐、香油錢和籌集善款，《善南寺》新廟終於在2010年農曆8月初九完成首輪工 程及進行遷廟儀式。

2013年，新山善南寺理事會進一步發動興建安溪八九爺伯殿地下室、五營總殿、天宫庭，希望計劃在2014年可以開始動工。